Schäfer ist freischaffender Schauspieler in Stuttgart und steht u.a. im Theater Lokstoff!, Theater Die Rampe, Studio Theater Stuttgart, Theaterschiff  und  TheaterBaustelle auf der Bühne. Er arbeitet außerdem als Sprecher (u.a. beim SWR) und ist in Film und Fernsehen zu sehen u.a. im Tatort, Soko Stuttgart oder im Grimme-Preis gekrönten Kinofilm „Das wahre Leben“.

2016 hatte Sebastian Schäfer sein Debüt auf der Lindenhof-Bühne bei der Wiederaufnahme des Stücks „Homo Faber“.

In der Spielzeit 2019/20 ist er als Wärter in der Inszenierung „Lass mich atmen, oh gnädiger Himmel. Geschichten von hinter den Mauern“ zu sehen.